Larutan neutral lipopolysaccharide boleh disimpan pada suhu bilik selama beberapa bulan, dan aktiviti biologinya tidak berubah dengan ketara. Jika ia disimpan pada 4 ℃ atau dalam peti sejuk bersuhu rendah, aktiviti biologinya boleh kekal tidak berubah selama beberapa tahun hingga beberapa dekad. Serbuk neutral lipopolysaccharide kering boleh disimpan pada suhu bilik atau peti sejuk selama beberapa dekad atau lebih lama tanpa kehilangan aktiviti biologinya.

Apabila lipopolisakarida diletakkan dalam larutan berasid pada suhu bilik, molekulnya mengalami degradasi separa. Perubahan ini terutamanya melibatkan pembelahan ikatan glikosidik antara polisakarida dan lipid A, dan pembelahan ikatan lipid A1-glukosida. Pemanasan boleh menggalakkan tindak balas ini. Larutan asid kuat boleh memusnahkan lipopolisakarida sepenuhnya di bawah keadaan pemanasan.

Faktor alkali mempunyai pengaruh yang besar pada molekul lipopolisakarida, terutamanya pada molekul lipid A. Pada masa ini, ikatan ester 4-fosfat pada rangka lipid A dan ikatan ester asid lemak pada kedudukan 3 dan 3 mudah dimusnahkan, yang boleh menyebabkan molekul terbelah. Pada masa ini, molekul terdegradasi kehilangan aktiviti endotoksin tipikal mereka. Lipopolysaccharides boleh dimusnahkan sepenuhnya dalam keadaan alkali yang kuat.